El 30 de octubre de 1952 se crea la Sociedad con el objetivo de fortalecer la Gastroenterología en el Perú.

Las primeras décadas estuvieron enfrentadas por diversos cambios sociales. Los mismos que afectaron el sistema educativo y complicó nuestra labor. Más allá de todo, la Sociedad de Gastroenterología supo sobrellevar la situación, conservando firmemente su objetivo de contribución científica e investigación.

Su estructura, objetivos y actividades se rigen de acuerdo a sus estatutos, siendo reconocidos por el Colegio Médico del Perú. Entre sus actividades destacan las de tipo docente (congresos, cursos, jornadas, talleres, etc.) investigación (teórica o aplicada) y publicaciones (libros, revistas, etc.).